Στο ΠΕΚ/ΑμεΑ λειτουργούν Προστατευόμενα Εργαστήρια. Αυτό σημαίνει, ότι όλοι οι Εκπαιδευόμενοι μαθαίνουν να κατασκευάζουν διάφορα είδη, με τη βοήθεια και την εποπτεία των Εκπαιδευτών τους.
Σαπούνια
Η παρασκευή σαπουνιών αποτελεί το κυριότερο εργαστήριο του Κέντρου. Οι Εκπαιδευόμενοι παρασκευάζουν πρωτότυπα, αρωματικά, πολύχρωμα, υποαλλεργικά χειροποίητα σαπούνια. Μαθαίνουν πώς να λιώνουν τη σαπωνόμαζα, πότε να προσθέτουν τα κατάλληλα χρώματα και αρώματα και στη συνέχεια τα συσκευάζουν σε πουγκιά από οργάντζα ή κουτιά. Κατόπιν, βάζουν ταμπελάκια με το λογότυπο του ΠΕΚ/ΑμεΑ.
Τα σαπούνια παρασκευάζονται καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους. Πωλούνται σε εορταγορές, που διοργανώνονται δύο ή και τρεις φορές τον χρόνο και πλαισιώνουν όλες τις εορταστικές εκδηλώσεις του Κέντρου.
Εικόνες
Οι Εκπαιδευόμενοι μαθαίνουν να επεξεργάζονται κομμάτια ξύλου (τρίψιμο, λουστράρισμα), στα οποία κολλούν εικόνες με θρησκευτικές παραστάσεις και τις διακοσμούν. Οι εικόνες πωλούνται σε εορταγορές, που διοργανώνονται δύο ή και τρεις φορές τον χρόνο ή πλαισιώνουν τις εορταστικές εκδηλώσεις του Κέντρου. Τον Νοέμβριο 2013 έγινε η πρώτη προσπάθεια να ενταχθεί στο εργαστήριο και η τεχνική decoupage!
Κεριά
Η παρασκευή των κεριών, λόγω της δυσκολίας και των υψηλών θερμοκρασιών, ανατίθεται στους Εκπαιδευτές. Οι Εκπαιδευόμενοι μαθαίνουν να συσκευάζουν τα κεριά σε διαφανή χαρτιά, στολισμένα με κορδέλες, αυτοκόλλητα κτλ καθώς και το ταμπελάκι με το λογότυπο του ΠΕΚ/ΑμεΑ.
Στο ίδιο εργαστήριο, οι Εκπαιδευόμενοι διακοσμούν και πασχαλινές λαμπάδες, πάντα με τη βοήθεια των Εκπαιδευτών τους.